Jhonny:
Te paso el texto de un manual de mysql que encontré, espero te sirva.
La forma SELECT...INTO OUTFILE ‘ f ile-name’ de SELECT escribe las filas
seleccionadas en un archivo. El archivo se crea en el host del servidor y no puede existir
anteriormente (entre otras cosas, esto previene a las tablas de la base de datos y archivos
tales como ‘etc/passwd’ de ser destruídas). Debes disponer del privilegio FILE en el host
del servidor para utilizar esta forma de SELECT.
La forma SELECT...INTO OUTFILE es utilizado principalmente para permitirte volcar
rápidamente una base de datos en una máquina de servidor. Si quieres crear el archivo en
cualquier otro host que el del servidor, no puedes utilizar SELECT...INTO OUTFILE. En
este caso deberías utilizar un programa cliente como mysqldump –tab o mysql –e
“SELECT .... ” >outfile para generar el archivo.
SELECT ... INTO OUTFILE es el complemento a LOAD DATA INFILE; el sintaxis par la
parte export_options de la sentencia consiste en las mismas cláusulas FIELDS y LINES que
se utilizan con la sentencia LOAD DATA INFILE. Puedes ver la sección 6.4.9 [LOAD
DATA].
En el archivo de texto resultante, sólo los siguientes caracteres son escapados por el
carácter SCAPED BY:
o El carácter SCAPED BY.
o El primer carácter en FIELDS TERMINATED BY.
o El primer carácter en LINES TERMINATED BY.
También puedes checar las funciones de php para el manejo de archivos a lo mejor te sirva alguna.