RE:MySQL puede correr directamente en Windows?
MySQL no tiene nada que ver con Apache, Apache se utiliza para poner unas páginas PHP para consultar los datos del mismo motor, el motor de MySQL es independiente de cualquier otro servicio. Yo tengo un MySQL en Win XP Pro, pero puede instalarse en un 95 solo que como dices y es absolutamente cierto, en 9x es diferente porque el concepto de servicio no existe, sino que es de aplicación en background.
Yo también he trabajado con Linux y la verdad los datos y conexiones desde VB o donde sea es igual, solo es redireccionar al servidor del motor de datos.