RE:puede puede haber conflictos con sql y mysql
Conflicto es el que tienes para describir el problema, si lo vemos detalladamente SQL es el lenguaje utilizado por los motores de datos (MySQL, Oracle, Sybase, MS SQL Server, DB2, entre otros).
Ahora si tu pregunta es si MS SQL Server entra en conflicto con MySQL, creo que no es la pregunta adecuada, debes leer más sobre los puertos TCP que usan, ningún motor interfiere con otro a menos que invadas el puerto de uno de ellos.