MySQL - Repair table

Tengo una base de datos en mysql, que hace dos dias funcionaba perfectamente, me produjo un error y aplique repair table, ahora que pasa una de las consultas que antes funcionaba, ya no funciona, al colocar la copia anterior si funciona, revise y en ambas tablas la consulta es la misma, entonces no entiendo que pasa, alguien me podria explicar que produce repair table y si hay forma de solucionar este error?? Obviamente que no sea montar la copia antigua. Gracias