MySQL - requiero Conectar MySql con MySql server 2003

hola buenas soy de Venezuela estoy haciendo pasantias en una empresa petrolera tengo un grave problema quiero migrar datos a otra base de datos ya que es eso lo que se me ocurre para el proyecto que me asignaron ya que me mandaron hacerles una modificaciones a un programa de seguridad y resguardo llamado LENEL OnGuard este programa es de monitoreo y este en caso de esta compañia generadora de fertilizantes lo utiliza para controlar el acceso del personal a dicha empresa lo que quiero en sintesis es hacer una aplicacion en java y conectarme a la base de datos de LENEL OnGuard pero lom quiero hacer atraves de una conexion que yo haga como por Ejemplo con MySql y que los datos que estan en MySql Server 2003 migren a MySql a traves de la conexion que busco se que suena un poco complicado pero eso es lo que busco como ayuda en verdad el que sepa como hacerlo que en verdad me diga paso a paso como hacerlo y me de su correo.

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Nombre:Enmanuel Perez