Netbeans - ejecuto el programa y me ejecuta un método de otro JFrame

Buenas tengo un problema con netbeans y es el siguiente:
tengo un sistema con Varios JFrame uno principal que es en el que se inicia el programa el problema es que ejecuto el programita y me ejecuta un método de otro JFrame que todavía no es llamado en realidad tengo dos problemas iguales prodrian darme una manito para ver por que se ejecuta algo que todavía no es llamado???

buenas le tienes que dar con el botón derecho del ratón a tu proyecto una vez dentro le das a propiedades y dentro de propiedades le das a ejecución y te saldrán todos los frames que tengas y seleccionas el que quieras que sea el principal
saludos.

Gracias por reponder Pablo: Reformulo con un ejemplo el codigo es muy extenso por eso el ej: Tengo un frame que tiene dos botone cada boton con una instruccion diferente el problema que cuando ejecuto el programa(JFrame) me ejecuta las dos intrucciones de los botones sin que los halla presionado Por que puede ser!!

Es un ejemplo de lo que me esta pasando!!

Entonces en problema esta en tu codigo de como mandas llamar a los botones, ocuprias poner el codigo para ver como los mandas llamar, tal vez los estas llamando al moemnto de solo pasar el mause por el boton quiero pensar.