PHP - Estructurar Proyecto

Buenas, me gustaría saber cómo puedo preparar un proyecto de PHP o cómo estructurarlo para subirlo al repositorio, para poder trabajar con él en Netbeans o en Eclipse. Es que la estructura de las carpetas como tengo el proyetco en bruto ahora mismo no me sirve.... T_T A ver si alguien puede orientarme al menos jeje Muchas gracias y un saludo!!!!!