PHP - Ayuda en sistema escolar php mysql

Que tal? tengo muchas dudas en cuanto como organizar y vincular toda la información de un sistema escolar web. Mas que todo en la parte de la base de datos! Hasta ahora solo cree una tabla que almacenara todos los alumnos de la escuela y otra para todos los profesores que contiene los datos personales. El problema lo tengo con las secciones, había creado un tipo de tabla para secciones con aproximadamente 120 campos que están destinados a almacenar las notas de cada materia y almacenar los alumnos. Cree un campo para los profesores de esa sección pero no tome en cuenta que cuando asignaba un profesor a esa sección crearía un campo como si fuera otro alumno y eso se prestaría para problemas. Espero puedan entender lo que quiero decir! Saludos y espero puedan ayudarme.