Bueno, ya tengo la solución, asi que como nadie ha respondido, voy a poner mi solución por si le puede ayudar a alguien:
Lo primero, crear en la carpeta raiz de CodeIgniter un archivo con el nombre".htaccess". Editar ese archivo con el siguiente código:
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]
Ojo! la ruta de index, si teneis varias carpetas hasta llegar a la posicion donde tengais instalado CodeIgniter, debereis añadir a la ruta la carpeta tambien, me explico con un ejemplo:
RewriteRule ^(.*)$ /carpeta/index.php/$1[L]
Una vez realizada la edición de el archivo .htaccess (recordar que tiene que estar en la raiz de codeigniter), deberemos decirle a Apache que habilite el mod-rewrite. Esto es muy simple:
Debemos editar el archivo httpd.conf, y buscaremos esta linea:
#LoadModule rewrite_module modules/mod_rewrite.so
y la dejamos asi quitandole el comment:
LoadModule rewrite_module modules/mod_rewrite.so
Y nada mas, en principio a mi de esta forma me funciona a la perfección, y genero url "de buen rollo" para los navegadores.