PHP - ¿Es inseguro poner las rutas de las páginas de este modo...?

Hola a todos, quería saber si la forma en la que estoy poniendo las rutas de las páginas en PHP son correctas, tengo todas metidas en la raíz de mi web y son por ejemplo, login.php (logueo), registro.php (registro), conexion.php (configuracion mysql), entre otras cosas, luego por ejemeplo en los enlaces simplemente si quiero que vaya al apartado para registrarse pongo un ancla que te lleve a registro.php, es decir, de este modo:
<a href="registro.php"><button type="button" class="btn btn-default">Registrar</button></a>

He visto sitios que simplemente tienen algo similar a

<a href="eldominio.com/registro"><button type="button" class="btn btn-default">Registrar</button></a> y nose si es por estética o porque es más seguro. Gracias!

Hola, la verdad es que yo nunca utilizo el dominio en las urls de mi mismo dominio, creo que no tienen ningún sentido.

Lo que yo simpre ago, es poner la ruta entera desde el inicio del dominio... en tu caso, seria así:
<a href="/registro.php"><button type="button" class="btn btn-default">Registrar</button></a>
Al poner la barra al inicio, indicas que siempre vaya al inicio del dominio... si por ejemplo, este código lo incluyes en un archivo que esta dentro de una carpeta, te funcionaria correctamente, sin la barra, no te funcionaria.

No se si me he explicado bien...

Sí, perfecto muchas gracias.

Probablemente lo que estas viendo en otras páginas se debe a que utilizan un base_url donde se aplica la raíz del sitio, suele ser común en los frameworks, pero no tiene que ver con que sea seguro o no, sino más bien con la portabilidad de la propia web. Si usas un base_url, si cambias de dominio (por lo que sea), no tendrás que cambiar todos los enlaces en tu web, con tan solo ajustar el base_url en la configuración del sitio automáticamente funcionarán los links en toda la web.