PHP - Estructura DB para sistema escolar

Hola amig@s!
Tengo un problema y quisiera que me apoyaran a resolverlo, ya que estoy creando un sistema escolar y me he topado con un problema que no he podido resolver, les cuento...

En el sistema se dan de alta los grados escolares, los grupos, los alumnos y los profesores, así como las materias, el problema esta en cuanto a la colocación de las asignaturas ya que no logro encontrar el modo de estructurarlas.

Tengo la tabla profesores donde se colocan los datos de acceso asi como los grupos que tienen a cargo, pero el problema es que los grupos varean, por ejemplo:

Prof. Juan Carlos
Materias; Ciencias, Español
Grupos: Ciencias 1B, 3A
Español 1A, 3B

Pero para colocar las calificaciones no se como estructurarlas, si alguien podría echarme un cable, se lo agradeceria mucho.

Pense en hacerlo de esta forma:

Crear solo a los profesores sin grupos y al momento de colocar las calificaciones seleccionen la materia y el grupo desde un select pero quisiera que se colocara automáticamente y se pongan las materias y grupos que tienen a cargo sin que lo seleccionen y sea complicado

Espero que puedan darme algunas ideas

Venga un saludo!