PHP - Generador de codigo

Hola a todos, tengo un crud el cual generará un código. Para que os hagáis una idea tiene tres campos

Título, proyecto y version,codigo

Quiero que si el proyecto remus es seleccionado tenga la versión 01,02,03 dependiendo las veces que haya sido utilizado y sin posibilidad a repetirse, pero si le indicó como ubique en phpmyadmin y logo otro proyecto ya no puede tener la versión 01 porque esta elegido en otro proyecto, y si le quito el unique puedo repetirlo tantas veces como quiera aun siendo primar key, y ya no se que hacer, gracias por vuestra ayuda