Buenas:
El eterno debate...
Para cosas pequeñas yo me decanto por no usar frameworks, pero si seguir MVC y orientado a objetos para poder mantener todo luego en un futuro. Para todo lo demas mejor frameworks ya que desde mi punto de vista esta todo mas modularizado y sabes siempre donde tienes que ir a cambiar algo, seguridad, plantillas... buenas practicas al final.
Aunque trabajes sin frameworks es bueno dividir lo que se hace con MVC o algo parecido asi siempres mantendras un orden. Fijate que hay muchos codigos que llegan a esta web y muchas otras en donde se mezcla las vistas y el html con las peticiones a bbdd etc etc... seguir buenas practicas es lo mejor que puedes hacer.
Con el tiempo te das cuenta que si vas a hacer algo rapido y tu ya tienes una plantilla de como enfocar ese problema iras a lo que ya conoces, por otro lado si ves que va a ser muy grande el proyecto veras que el framework te permite crear de forma rapida rutas, las conexiones a tu bbdd y traer tus modelos he incluso tener varias presentaciones para el mismo tipo de dato (json, html....)
Saludos.