Creo que estás complicando más las cosas de lo que son.
Si tu tienes/creaste el código del java, lo puedes exportar y se creará un archivo .jar que se ejecuta a través del JAVA y no del netbeans, el netbeans sólo te sirve para programar, una vez finalizado, no lo necesitas para ejecutar.
Si quieres que estos valores los pueda leer el php, lo que tienes que hacer es que el método que se ejecute retorne el valor que deseas y esto lo almacenas en una variable de php.
algo como esto:
Espero haberte ayudado.
Saludos.