PHP - Ayuda con el siguiente tema

Buenas tardes estimados, tengo un pequeño módulo hecho en PHP con MySQL, el cual no he hecho yo, y necesito resolver lo siguiente:

El sistema es un sistema de listas de verificación, como que fueran encuestas.

Cada vez que yo agrego una lista, es decir, una encuesta, lo puedo hacer con una numeración correlativa entera, y todo bien, por ejemplo:

1. Pregunta 1
2. Pregunta 2
3. Pregunta 3

Agrega las preguntas en esa encuesta específica.

Pero cuando la encuesta tiene sub-numeración, como la siguiente:

1. Pregunta 1
2. Pregunta 2
3. Pregunta 3
3.1. Subpregunta 1
3.2. Subpregunta 2
3.3. Subpregunta 3

Estas subpreguntas son agregadas a todas las listas o encuestas.

Adjunto archivos en los que creo que puede estar el error:
mantto_lista_preguntas.php
llenar_lista.php

Por ejemplo tengo 2 listas (encuestas):


La lista 003 solo tiene numeración correlativa, sin subpreguntas, la lista 004, tiene preguntas correlativas y subpreguntas, pero al agregar una subpregunta en la lista 004, también la agrega en la lista 003, sin embargo, solo es a nivel de visualización, pues ya he verificado la base de datos y no duplica la información, sino solamente es a nivel de visualización.

Yo no tengo experiencia en PHP, apenas me estoy iniciando, por eso pido vuestra ayuda, podrían abriri los archivos y ayudarme, se los agradeceré grandemente.

Atte.:
Un usuario con ganas de aprender.

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