PHP - Solo recibe las chequeadas

hola.
Lo que pasa es que php, solo recibe los datos que han sido chequedos, por lo tanto, debes hacer esto.
A cada variable de checkBox dale un nombre asi
echo "<input type=checkbox name=algo[".$i."] value=".$row["idAlgo"].">";

cuando el formulario es recibido haces esto
foreach($algo as $array)
{
//haces tu consulta para borrar, donde cada interaccion del ciclo, //asigna $array un id que hallas seleccionado
}