PHP - Interactuar PHP con JavaScript

Buenos días,

Quisiera interactuar PHP con JavaScript pero no se como conseguirlo.

Por un lado tengo este codigo en PHP:

if (isset($_POST["Eliminar"])){
if (isset($_POST['sclaves'])){
$sclaves = $_POST['sclaves'];
$co = count($sclaves);
$x=0;
while ($x < $co){
$reten = mysql_query("DELETE from trabajos where peticion='$sclaves[$x]'" ,$conexion) or die("La consulta falló: " . mysql_error());
$x ++;
}
}
}

Por otro lado este de JavaScript:

<script>
if (confirm('¿Desea continuar?')) {
}
else{
}
</script>


Y quisiera unir ambos.. algo como esto...

if (isset($_POST["Eliminar"])){
if (isset($_POST['sclaves']))
{ ?>
<script>
if (confirm('¿Desea continuar?')) {
<? $sclaves = $_POST['sclaves'];
$co = count($sclaves);
$x=0;
while ($x < $co){
$reten = mysql_query("DELETE from trabajos where peticion='$sclaves[$x]'" ,$conexion) or die("La consulta falló: " . mysql_error());
$x ++;
} ?>
}
else
{
<? echo "NO QUIERE CONTINUAR"; ?>
}
</script>
<?
}
}

Gracias por vuestra ayuda,

Un saludo

Bueno podrías hacerlo más sencillo, si confirma entonces envias el formulario si no no haces nada por lo que si se envia el formulario se ejecutará la consulta que deseas hacer.

Algo como esto:

<script type="text/javascript">
function confirmar(){
if (confirm('¿Desea continuar?')) {
return true;
}
else{
return false;
alert('Cancelado...');
} }
</script>

y en el evento onSubmit del formulario pones esto javascript: return confirmar();

Espero que te sirva.

Saludos