PHP - Tratar ficheros remotos

Tengo que hacer una aplicacion web que lea un fichero (matriz de numeros en formato texto) en un servidor remoto, le aplique un algoritmo y cree un fichero resultante en otro formato, y que este se guarde en el servidor donde reside la web.

Mis dudas son..

- Como debo leer ese fichero de texto remoto y en que lenguaje seria mejor hacer-lo?
Esta parte no se como hacerla, es mi mayor duda :(

- Y para el argoritmo, mejor que lo trate el servidor web en PHP o un applet en java o.. etc?
En PHP resulta facil, pero alomejor si muxa gente ulitiza la web puede ser lento.. no toy seguro.
Usando applets java soluciono eso pero por razones de seguridad no estoy seguro de si me deja acceder a ficheros (leerlo remoto / tratarlo / guardarlo remoto).

Y tambien me gustaria que no me salieran ventanitas de certificados, etc... (esto no es tan importante).

Weno cualquier consejo ayudita que me podais exar es bien recibida.
Gracias!