Pues no esta tan dificil. Bueno se puede hacer de varias formas.
La primera y mas sencilla, usando imagenes. Solo crea imagenes para tus elementos, y para las ramas, (no especificas que tipo de arbol es, pero si es binario es muy sencillo, si es de otro tipo, pues bueno, pudiera tener sus dificultades), y creas una tabla, donde en cada celda pones la imagen correspondiente al elemento, o a las lineas del enlace, por ejemplo.
Elemento
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------
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E1 E2
En la tabla, el elemento quedaria en una celda, en la celda inmediata de abajo, quedaria una linea vertical, en la celda que le sigue un conector, a su izquierda y derecha un codo, una celda mas abajo de estas......... así dibujando toda la tabla.
Para esto tendrias que auxiliarte de rowspan y colspan, para hacer el truco más facil puedes usar varias tablas, solo recuerda ponerles el mismo ancho a todas para que encajen pefectamente. Tambien puedes usar tablas dentro de tablas. Todo depende de que tan laborioso es el dibujo.
Otra forma, seria que usaras la libreria GD de php, para generar una imagen con el arbol, aunque es igual de laborioso, para muchas personas les resulta más facil.
http://www.php.net/manual/es/ref.image.php
Saludos!
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Miguel Angel
Mike79