PHP - Actualizar paginas

Saludos, he trabajado con DreamWeaver para desarrollar mi portal, es decir todo a puro código, y quiero realizar las actualizaciones de las paginas, por ejemplo: Cambiar colores, agregar links, cambiar el menú y cosas así, he pensado modificar los archivos .php en mi máquina y luego hacer un UPLOAD para sobre escribir los archivos que se encuentren en el servidor y así realizar las modificaciones que deseo. El problema es que se podrían subir archivos .php con código malicioso y quiero evitar este inconveniente.

Si alguien puede ayudarme con una pequeña guia de como hacer ésto de otra manera se lo agradeceré.

El problema es que se podrían subir archivos .php con código malicioso y quiero evitar este inconveniente?

al modificar un archivo el codigo malicioso que puedes tener el el que tu pongas no se crea ninguno al subir una pagina