PHP - href se mueve sin control

Saludos, tengo varias paginas que me funcionaban perfectamente hasta que agregue un include a un script php de un menu desplegable y que este asu vez llama funciones javascript , lo que sucede ahora con todas las paginas es que todo lo que tenga href se mueve hacia arriba o hacia abajo, algunos los he controlado con solo valign="top" pero otros siguen moviendose lo que quero es evitar que se muevan lo href, espero alguiensepa decirme a que se debe esto.

¿Como se mueve?
Te refieres a que tienen una animación que hace que se muevan hacia arriba y hacia abajo??, o te refieres que algunos se movieron arriba y otros abajo?.

Esto suena a CSS, posiblemente tu javascript esta modificando los CSS.
Otra puede ser que tu javascript este insertando un codigo html incompleto que esta afectando tu página web. Por ejemplo, una tabla mal cerrada, o una doble comilla que no esta cerrada.

Abria que ver tu codigo.
Saludos!
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Miguel Angel
Mike79