Tendrías que separar el script en dos:
uno con el link a la noticia externa, pero pasando primero por el otro script... algo asi (a ver si me explico)
muestra_link.php:
<?php
$idnoticia=$reg['Idnoticia'];
echo "<a href=\"redirect.php?pos=$num&idnoticia=$idnoticia\" target=\"_blank\">";
echo $reg['Titular'];
echo "</a>";
?>
redirect.php:
<?php
mysql_query("UPDATE noticia_salsera SET Click=Click+1 WHERE Idnoticia=$click");
$noticia=$reg['Enlace'];
header ("Location:$noticia");
?>
La idea es en un pequeño script llamado redirect.php, actualizar la cantidad de visitas a la noticia externa.
De esta manera, al tener el este script que solo se encarga de actualizar la base de datos y redirigir, no vas a tener problemas con la funcion header.
Avisame si lo solucionas o si no se entiende bien.