PHP - problema con sesiones y popups

Hola a todos tengo un ligero problema q no se como solucionar, resulta q en una pagina al hacer click en un enlace abro un popup y trabajo en el pero cuando lo cierro y hago click en cualquier enlace de la pagina padre esta vuelve al inicio de sesion, es como si destruyera la sesion y me botara al inicio. Y lo peor es q es algo q pasa algunas veces y otras veces funciona sin novedad, Espero q alguien pueda ayudarme y decirme q puede estar mal Gracias.............

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