RE:BAJAS FISICAS EN ARCHIVO???
Hay dos formas de hacerlo, una larga y la otra relativamente corta pero más compleja.
La primera depende de que en los registros de tu archivo incluyas un campo (tal vez de tipo boolean) que indique si ese registro está activo o está lógicamente borrado. Luego cuando quieras quitar esos registros del archivo debes copiar el archivo completo a un temporario, borrar el original, recorrer secuencialmente el temporario traspasando solo aquellos registros que están activos.
La segunda forma es más complicada, debes saber cómo trabajar con aritmética de bytes, saber cuántos bytes ocupa físicamente cada registro entonces te posicionas en el registro a borrar, lees el siguiente y lo copias encima del que borras, luego avanzas al siguiente registro (que será una copia del anterior) y repites la operación, esto hasta acabar el archivo, por último recortas el archivo al principio del último registro poniendo la marca de fin de archivo y luego actualizar la FAT del disco para que no haya inconsistencia de tamaños. Esto es lo más complicado.
La primera solución es la más comunmente usada, por lo general se denomina "packear" el archivo.