Para hacer un puzzle manualmente, lo primero que debes hacer es dibujar las piezas tal como estarían colocadas formando un rectángulo (o cualquier otra forma). Para ello te recomiendo un programa vectorial, que es más sencillo. Luego importas las piezas a Photoshop con el tamaño adecuado a la imagen que quieras separar en piezas. Si la imagen mide 500x400, el puzzle debe medir, evidentemente, lo mismo.
Luego sólo tendrías que seleccionar con la varita mágica cada pieza (color blanco separado por líneas negras) y cortar la imagen basándote en esa selección (por ejemplo, con Capa->Nueva-> Vía Cortar).
Por último, añadir a todas las capas un efecto de relieve.
Espero que te sirva. Un saludo.