No se entiende tu pregunta. ¿Sino quieres ejecutar tu ayuda desde PB?, ¿desde donde quieres hacerlo?.
Quizá te refieras a que tu ventana de ayuda, se despliegue en una ventana independiente y no quede aprisionada dentro de una ventana de PB (cosa que tampoco sucede en la práctica), ya que la ayuda, siempre se ejecuta en una ventana independiente.
Por si acaso, acá tienes dos formas de ejecutar un archivo chm.
* Con la clásica función ShowHelp de PB:
ShowHelp("C:\miayuda.chm", Index!)
* Con la API ShellExecute:
1. Declaras la external Global o local external function
FUNCTION long ShellExecuteA(long hwnd, string lpOperation, string lpFile, string lpParameters, string lpDirectory, long nShowCmd) LIBRARY "SHELL32.DLL"
2. Script:
long hwnd
string filname
hwnd=handle(parent)
filname='C:\miayuda.chm'
shellexecuteA(hwnd,'open',filname,'','',1)
Si no es esto lo que necesitas, espero aclares con más detalle...