Saludos...
Hay varios sistemas de documentación de aplicaciones y te generan un help igual al que utiliza el windows... inclusive el PB permite que cambies el archivo de Help que utiliza el PB por uno propio definido por el usuario, no lo he utilizado pero está en la documentación del PB...
El PowerDesigner te permite la documentación del Sistema (en términos generales) tales como Alcance, definiciones (Reglas de Negocio), Dominios,, etc... que guían el desarrollo de la aplicación y la documentación del modelo conceptual y del modelo físico solamente, NO ES PARA DOCUMENTACION DE LA APLICACION!...