pense en su problema y el problema fundamental es que quiere buscar dentro de un pdf otros vinculos a otros pdfs.
yo no tengo mas informacion o contexto, sinembargo pienso que lo que usted desea, es poder revisar un pdf un articulo cientifico que en su biografia tiene muchos mas pdfs y necesita un script que le saque esa informacion lo mas rapido posible.
el problema es que piensa que un .bat es un script con cualquier capacidad y eso no sucede por lo menos en windows, prque el shell el MS-DOS es muy limitado.
por ejemplo en linux hay herramientas mas especializadas para hacer lo que usted desea.
hay dos problema fundamentales:
un pdf puede tener un lvinculo a otro pdf, o solo puede tener en texto el mensionado pero no como vinculo.
existe un programa llamado pdf2html que convierte el texto del pdf a una pagina web, cuando el pdf tiene vinculos, los puede guardar como tal, pero si solo tiene los links escritos, usted va a necesitar otro programa que esos vinculos los convierta en vinculos que se puedan abrir con el navegador.
la solucion estaria en:
1, convertir el pdf a html
2. buscar en el html los vinculos que deberian empezar como "http://" y finalicen con ".pdf"
3. sacar esos vinculos y crear otro html o modificar el que este, para adicionar la palabra "href:" para convertirlos en un vinculo navegable.
eso en un .bat no se puede hacer.
se podria hacer si usa un shell para windows como busybox porque tiene mas herramientas para buscar.
sinembargo aun necesitaria el programa que convierta el pdf a texto o a html
para Windows o Linux ese programa existe y para su fortuna es gratuito y lo puede descargar aqui:
http://www.xpdfreader.com/download.html
lo que quedaria es usar grep en el html y buscar la cadena -e "http://*.pdf"
grep es una herramienta de busqueda de textos dentro de otros archivos que viene integrada en linux, y en windows se consigue cuando instalas busybox que lo puedes descargar aqui:
https://busybox.net/