Programas Comerciales - Consulta sobre Migracion de Datos

Buenas tardes gente, no se si es la categoria correcta pero les cuento mi situación.
Estoy apunto de recibirme de Analista de Sistemas y estoy trabajando en un proyecto para mi primer cliente (dueño de una agencia de viajes).
El tenia un sistema en Acces97 corriendo con Windows XP.
Mi tarea es tomar lo viejo, rehacerlo y mejorarlo(dentro de lo posible) en una tecnologia mas nueva.
En mi caso escogi Java + MySQL y voy a sugerirle pasar todos los equipos a Windows 7.
Tengo una gran duda sobre la base de datos.
Si bien base mi MER actual en el anterior mejorando los puntos debiles que tenia, me encuentro que la base de datos anterior es literalmente un cancer; muchos registros vacios o sin razon de existir en el sistema, campos mal ingresados, etc.
Que política me recomiendan tomar para la migración de datos?, llevo todo a la nueva base de datos o hago una selección de registros?.
Me gustaria mas hacer una seleccion, obviamente que con un algoritmo (no a mano), el tema es que tengo miedo de que se pierdan muchos registros.
Estamos hablando de una bd chica, maneja entre 500 y 2000 registros por tabla.
Muchas gracias a todos, saludos

Bueno, en realidad que la base hayan ingresados registros vacios o campos vacios o con nulos
no significa que la base sea mala y no estoy defendiendo a Access, detesto esa base de datos
el problema reside en que al parecer no hay validaciones a la hora de insertar registros y/o updatearlos

Si es una base monousuario recomiendo SQLite o si va a ser una base
consultada por varias conexiones recomeindo mariaDB (Hno menor de MySQL)
o postgreSQL, O MySQL las 3 son muy buenas

y como entorno de desarrollo hay una multiplicidad de lenguajes
a modo aplicacion o por browser...

enviame un correo a [email protected] con un txt con una de las tablas y yo te desarrollo un ejemplo