SQL Server - tiempo de ejecucion en 2 bases similares

Hola a todos se me ha presentado un caso un poco extraño, resulta que tengo una base de mas de 4 GB y para reducir su tamaño se eliminaron toda la informacion de años pasados de determinadas tablas , entonces hice unas pruebas comparando 2 bases una con toda la informacion y la otra ya con los datos eliminados pero el problema esta al ejecutar una misma consulta en ambas bases, ya q en la base de menor tamaño se demora un poco más que en la otra porque??. a pesar de reindexar las tablas ambas bases estan en la misma PC.
les agradezco su atencion....

1.- Actualiza estadisticos
2.- ¿Tienes indices en las tablas que involucran la consulta?
3.- Setea SET STATISTICS IO ON

Ejecutas tus consultas y revisas donde se estan haciendo los READs.