Buenos días Cintia si entendí correctamente lo que necesitas saber es qué registros que aparecen en tu tabla A no están en tu tabla B y viceversa correcto??? esto se puede lograr de varias formas, todo depende del manejador de BD que estás utilizando, por ejemplo con SQL Server sería utilizando el operador EXCEPT, en ORACLE existe el operador MINUS, pero en MySQL si no mal recuerdo lo tienes que hacer mediante consultas explícitas utilizando INNER JOIN y USING, o EXISTS, IN, etc.
Te pongo un ejemplo de cómo se haría en SQL Server, si utilizas otro manejador es cuestión que nos comentes para poder ayudarte a encontrar la equivalencia.
declare @Tabla1 table (id int, descripcion varchar(50))
declare @Tabla2 table (id int, descripcion varchar(50))
insert into @Tabla1 values (1, 'uno')
insert into @Tabla1 values (2, 'dos')
insert into @Tabla1 values (3, 'tres')
insert into @Tabla1 values (4, 'cuatro')
insert into @Tabla2 values (3, 'tres')
insert into @Tabla2 values (4, 'cuatro')
insert into @Tabla2 values (5, 'cinco')
insert into @Tabla2 values (6, 'seis')
(select * from @Tabla1 except select * from @Tabla2)
union
(select * from @Tabla2 except select * from @Tabla1)
La tabla1 contiene los registros 1,2,3,4 la tabla 2 contiene los registros 3,4,5,6, por lo tanto los registros 1 y dos solo aparecen en la tabla 1, los registros 5 y 6 sólo aparecen en la tabla 2, pero los registros 3 y 4 están repetidos en ambas tablas. La consulta te devolverá entonces los registros 1,2,5,6 que son únicos en cada una de las tablas.
Saludos y espero que te sea de ayuda.
Leo.