SQL - Ayuda con un query

Hola a todos, me podrían a ayudar q esta consulta sea mas libiana se demora una eternidad lo deje toda una noche y no termina,la consulta es la siguiente :

select hist_ubica_id
from cpe_hist_ubilote
where estado = 'A'
and hist_ubica_id not in (select max(hist_ubica_id) from cpe_hist_ubilote where estado = 'A' group by lote_id having count(lote_id) >= 2)
group by hist_ubica_id having count(lote_id) >= 2

Gracia, lo q trato de hacer es sacar de una tabla todos los q tienes es estad 'A' de activo y se repite mas de una vez, pero debo dejar el maximo para a este no modificarlo luego, a los demas de la consulta luego los modificaré con estado 'E' de eliminado gracias.

Para poder ver, donde esta el problema, active los estadisticos.

SET STATISTICS IO ON

Y luego ejecute su query, le dara la estadistica de donde es que se esta tardando mas en las lecturas fisicas y/o logicas.

¿Como andamos de INDICES?