SQL - Modificación estructura tabla

Tengo una base de datos creada sin seguir ningún criterio de normalización. Esto es no existen claves primarias, ni foráneas y hay campos redundantes. Voy a introducir claves, eliminar campos y cambiar el formato de algunos de ellos.

El problema es que las tablas tienen datos. Antes de introducir las modificaciones las voy a vaciar
ya que con algunas en lugar de ´alter table´ voy a hacer un ´drop´ y después un ´create´.(tengo un backup).

Mi duda es la siguiente. Una vez modificadas las tablas al cargar los datos del backup supongo que
habrá problemillas.

¿Qué tipo de problemas puedo tener?.

Supongo que si tengo registros duplicados en una tabla con PK no me dejará cargarla y que las tablas con FK me obligarán a que exista el registro correspondiente en la otra tabla. También tendré problemas de longitudes de campos.
¿puedo tener algún otro problemilla?, ¿es importante el orden al cargar?. Creo que ebo empezar por las que no tengan FK..¿no es así?.

Muchas gracias. Cualquier consejillo será bienvenido.

Nauj

Puedes hacer lo siguiente:
Editar tu archivo en un editor de textos, revisa tu(s) coluna(s) que van a ser llaves y elimina las duplicadas.

Haz un programa para que pueda leer el archivo textual y ve verificando los campos llave para saber si ya existen o no.

Un problema que da el SQL es que despues de 50 lineas que no pueda agregar a la tabla esta se termina.

Saludos....