Servlets - Consejos de seguridad para paginas web

Estimados todos,

Estoy iniciándome en el mundo de desarrollo de paginas web haciendo uso de Servlets y lenguaje JSP debido a que se me ha solicitado desarrollar un sistema que requiere de dichas características integradas con una base de datos MySQL.
El motivo de la presente consulta es solicitarles a ustedes con su experiencia, me den consejos sobre como puedo mejorar la seguridad en la plataforma que estoy desarrollando, que tipos de cosas tengo que tener en cuenta y que software me recomiendan usar?
Anexo a esto, y ratificando mi ignorancia en la materia, no me queda muy claro de que forma maneja JSP el acceso por usuarios a las paginas web? como sabe a que usuario corresponde que información ?

Agradezco ampliamente cualquier información que puedan aportarme