Servlets - Desplejar un JFrame del lado del servidor

Hola, tengo un problema.

Estoy desarrollando una pequeña aplicacion con servlets y existe cierta informacion que necesito sea desplegada del lado del servidor en un JFrame (no en el navegador). Estoy utilizando el contenedor Tomcat junto con el IDE NetBeans. El problema que tengo es que cuando corro la aplicacion desde el mismo NetBeans todo marcha perfectamente pero cuando lo hago manualmente, es decir, yo mismo inicializo el Tomcat y yo mismo copio los archivos a las carpetas correspondientes dentro de este, en el lado del cliente todo marcha bien (ya que todo lo que el cliente requiere es visualizado en el navegador), pero del lado del servidor nunca aparece el JFrame (el cual deberia de aparecer como una ventana de aplicacion). Lo raro es que si ejecuto todo desde el NetBeans, el JFrame si aparece.

¿Alguna idea de lo que esta ocurriendo?. Sera que no tengo algo bien configurado en el Tomcat ? porque por lo que me he dado cuenta, el NetBeans esta utilizando una distribucion del Tomcat que esta incluida dentro de su misma carpeta de instalacion y no la que yo instale por separado. Ya he probado en mi maquina con tres versiones distintas del Tomcat y no se corrige el problema.

Agradeceria me ayudara alguien.