Hola,
Usa
\setcounter{tocdepth}{N}
N es un número que indica hasta que nivel se va a mostrar en el índice
Por ejemplo, para (en book), para mostrar solo los cpaitulos en el indice es
\setcounter{tocdepth}{0}
Para mostarr hasta las secciones es
\setcounter{tocdepth}{1}
Y para mostrar las subsecciones es
\setcounter{tocdepth}{2}
Si no esta numerando las subseciones, igual y debes usar
\setcounter{secnumdepth}{N} para indicar hasta que nivel va a numerar
Saludos
Para mas informacion:
secciones/subsecciones, tec:
http://www.sindominio.net/ayuda/latex/sdlatex.pdf <---paginas 10 y 11,...
setcounter
http://www.giss.nasa.gov/tools/latex/ltx-310.html
Counters
http://www.giss.nasa.gov/tools/latex/ltx-3.html