TeX/Latex - Errores al compilar latex en linux

Hola buenas, soy nuevo en linux y aún más nuevo en latex y es que un fichero que me compilaba perfectamente en Windows me da problemas en linux y no se bien porque es. Creo que me faltara algun paquete por instalar.

Los paquetes que tengo instalados son el: tetex-bin, tetex-extra y el texlive-base.

Las librerias que he añadido en el codigo son:

\usepackage[spanish]{babel}
\usepackage[latin5]{inputenc}

\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{amssymb, graphics}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{amsthm}
\usepackage{array}

El documento es del tipo:

\documentclass[a4paper,12pt]{book}

Y por último los errores son los siguientes(pongo solo unos pocos porque se repiten muchisimas veces lo mismo pero en distintas linias). Algo que si puedo decir es que no me crea el indice y tampoco me hace las referencias a las etiquetas que he creado, bueno ahi dejo algunos errores.

Muchísimas gracias por adelantado por la ayuda.

Errores:

line 0 -> Warning : \headheight is too small (12.0pt):Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):Make it at least 14.49998pt.
line 9 -> Warning : Reference `pre7' on page 6 undefined on input line 79.
line 9 -> Warning : Reference `pre7' on page 6 undefined on input line 79.
line 3 -> Warning : Reference `pre8' on page 6 undefined on input line 83.
line 3 -> Warning : Reference `pre8' on page 6 undefined on input line 83.
line 3 -> Warning : Reference `pre9' on page 6 undefined on input line 83.
line 3 -> Warning : Reference `pre9' on page 6 undefined on input line 83.
line 5 -> Warning : Reference `pre5' on page 7 undefined on input line 85.
line 5 -> Warning : Reference `pre5' on page 7 undefined on input line 85.
line 5 -> Warning : Reference `pre7' on page 7 undefined on input line 85.

line 153 -> Overfull \hbox (6.27484pt too wide) detected at line 153
line 156 -> Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 156--164
line 4 -> Warning : Command \footnotesize invalid in math mode on input line 16LaTeX Font Warning: Command \footnotesize invalid in math mode on input line 164.
line 7 -> Warning : Reference `pre26' on page 10 undefined on input line 167.
line 7 -> Warning : Reference `pre26' on page 10 undefined on input line 167.
line 170 -> Overfull \hbox (21.39732pt too wide) detected at line 170
line 171 -> Overfull \hbox (12.8069pt too wide) detected at line 171
line 175 -> Overfull \hbox (22.40842pt too wide) detected at line 175
line 176 -> Overfull \hbox (35.78116pt too wide) detected at line 176

Adiós y gracias de nuevo y espero que alguien pueda ayudarme.