Tomcat - Problemas con autentificación en tomcat

que tal, bueno, el problema que tengo es que, tengo un tomcat configurado para que a ciertas carpetas solo te deje entrar al loguearte, en estas carpetas tengo un reporteador, el problema consiste en que tengo una aplicación de la cual necesito hacer peticiones de reportes, pero no sé como se haga la autentificación desde la aplicación, haciendo la autentificación en tomcat transparente para el usuario, cabe mencionar que la aplicación es en PHP, y antes hacía las peticiones solo lanzando la url del tomcat y mandando los parámetros del reporte también mediante la url, claro, el tomcat no tenía autentificación, lo cual ya en conjunto significa un gran hueco de seguridad, ya que los parámetros estaban visibles y modificables.
Bueno, de antemano gracias por la ayuda.