Unix - problema con un script

Hola a todos acabo de poner este script y me manda este error; no se a que se debe, ya que es una copia idéntica de uno que sí funciona. Mando el script y el error a ver si alguien me pudiera ayudar. Muchas gracias!

#$ -S /bin/bash
#$ -N bowtie2
#$ -cwd
#$ -l qname=all.q
#$ -t 1-6
#$ -e error_9hrs_Sg
#$ -o salida_9hrs_Sg

LISTA=lista_maiz_9hrs_Sg.txt
input=$(head -n ${SGE_TASK_ID} $LISTA | tail -n 1)
time ./$input

#el error que arroja
/opt/sge/default/spool/fos/job_scripts/269: line 11: ./: Is a directory

Hola Rafael, que valor tiene la variable $input?