Pepe:
para ejecutar procesos que corran despues del logout, deberias usar el comando "nohup". Par mas referencias, " man nohup".
Esto podrias usar en sessones remotas desde windows, o inclusive desde las consolas de Unix. El comando ignora el logout del user y lo ejecuta en backgorund. podrias usar tambien ,el comand "at" para establecer si quieres ejecutar el comando en un determinado horario. Es decir, podrias usar los dos comandos a la vez.
Espero que te sirva.
Saludos
Walter