Como yo lo uso, el ftp tiene dos maneras de trabajarlo: manualmente (interactivamente) y con un proceso tipo batch.
Si es el segundo caso, sirve para automatizar procesos recurrentes, por ejemplo, para enviar o recibir archivos (planos o binarios) de manera automatizada. Yo lo uso con nombres fijos de archivos.
El procedimiento general es este y funciona para windows, linux o unix:
1- Preparas un archivo ejecutable (por ejemplo: inst_ftp.sh ó inst_ftp.bat, según tu sistema operativo), donde mandas a ejecutar el comando ftp (normalmene el parámetro -n hace que ftp lea los comandos en el archivo que se le indica a continuación, aquí puedes ver que llama a un .dat), por ejemplo:
REM inst_ftp.bat
REM shell ejecutable para enviar un archivo plano de nombre archivo.txt ubicado en
REM una maquina windows en el directorio c:\pablo hacia una maquina linux con
REM direccion IP 192.168.10.23 y colocarlo en el directorio /home/pepe
ftp -n 192.168.10.23 < inst_ftp.dat
REM Fin del archivo inst_ftp.bat
2- Preparas un archivo con los comandos que ejecutarías normalmente en el caso de hacerlo de manera interactiva. El sufijo ".dat" es una a manera de sugerencia, en realidad puede ser un .txt o lo que quieras, con tal que no te de problemas windows, si es el caso. Siguiendo el ejemplo, este sería inst_ftp.dat:
user pepe 123456
ha
asc
cd /home/pepe
lcd c:\pablo
put archivo.txt
bye
Por si acaso te explico los comandos del .dat:
user pepe 123456: abre sesión con el usuario pepe y esa es la clave del login
ha : para que te indique el progreso de la transferencia, se puede obviar
asc: modo ascii (archivos planos), tambien puedes usar bin para archivos binarios
cd ....: directorio remoto
lcd....: directorio local
put ...: enviar el archivo
bye o quit: salir de ftp
Es todo, ejecutas el .bat y listo, debería funcionar. Si tu origen es una maquina linux o unix, solo cambias los comentarios REM por #, y adicionalmente podrías usar .sh en lugar de .bat
Si no es esto lo que necesitas, igual puedes repreguntar y explicar mejor, para poder ayudarte.