Unix - problemas de permisos entre java y UNIX

Hola a todos,
tengo un programa en java que crea un .sh (shell script de UNIX) dinamicamente, es decir, segun unas opciones se crea el .sh con unas lineas o con otras, por otro lado, el nombre del .sh siempre es distinto para que no haya problemas con los nombres del .sh al ejecutarlo. este .sh contiene lo siguiente:

# Estas lineas pueden variar.
HOST='000.000.000.000'
USER='XXXXXXXXXXX'
PASSWD='YYYYYYYYYY'
PROJECT=$2
GROUP=$3
MEMBER=$4
ftp -n $HOST <<END_SCRIPT
quote USER $USER
quote PASS $PASSWD
ascii
put $1 '$PROJECT.$GROUP.DOC($MEMBER)'
get 'XXX.YYYYYY.SSSSSS(091199)' temp886.jcl
! sed -e 's/&MEM/$MEMBER/;s/&PROJ/$PROJECT/;s/&GROUP/$GROUP/' temp886.jcl > temp2886.jcl
quote site file=jes
put temp2886.jcl
quit
END_SCRIPT
exit 0
-----------------------------------------------------------------------
Fijaros en que utilizo un archivo de nombre temp886.jcl y temp2886.jcl.

Bien pues cuando ejecuto todo el java, cuando llega al punto de utilizar temp886.jcl y temp2886.jcl falla y no hace nada.

En cambio si lo ejecuto yo manualmente el .sh, funciona correctamente.

Me gustaria saver que puedo hacer para que no me de problemas de permisos, ya que creo que es eso lo que pasa.

Gracias a todos, de veras.