Hola Richard.
Windows XP no usa MS-DOS, ya que tiene su propio intérprete [1]. Lo del bloqueo del símbolo de sistema es una de las modificaciones que muchos virus hacen. Si el virus sigue activo, restablecerá dicho bloqueo.
Los antivirus (si tienes alguno instalado) en general no detectan inmediatamente estos nuevos virus (que muchas veces hacen uso de autorun.inf), pero existen herramientas orientadas a eliminar dichos virus y las modificaciones que hayan hecho. Como ejemplo, Flash Desinfector [2] realiza esta tarea. Otras utilidades protegen al computador de futuras infecciones, como Panda USB Vaccine [3] y Elipen [4] (a infecciones de memorias USB me refiero).
Hay una herramienta orientada a la administración de permisos -aún en fase de pruebas- llamada USB Cop [5].
Guíate por las referencias dadas (y en ese orden).
Referencias:
[1] http://windowsitpro.com/article/articleid/39566/
[2] http://polin.wareznica.com/?p=159
[3] http://research.pandasecurity.com/archive/Panda-USB-and-AutoRun-Vaccine.aspx
[4] http://www.zonavirus.com/datos/descargas/271/elipenexe.asp
[5] http://sourceforge.net/projects/usbcop/
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