Cuidado con lo que hagas en el Registro, para saber si hay una clave que activa un programa de virus no eliminado necesitas anotar los nombres de los virus que hallo tu herramienta antivirus, y buscar información sobre la conducta de estos, o sea si escriben claves en el registro, y cuales son las entradas que añaden. Cuando he tenido problemas como el tuyo uso las herramientas de Symantec, que puedes consultar en:
http://www.symantec.com/search/
aquí puedes usar la herramienta de busqueda, dandole el nombre del virus, con lo cual obtendrás una lista con los documentos acerca del virus, busca el que se titule Symantec Security Response - (Nombre del virus) y revisa el documento buscando si el virus escribe entradas en el registro, si lo hace el documento dice cuales son exactamente. Buscalas en tu registro y borralas, teniendo cuidado de no alterar la demás información. Para anticipar algun accidente, se debe hacer un duplicado del registro, en los documentos de los virus que encuentres en Symantec hay mucha información útil de los procedimentos a seguir para estas operaciones, porque con esos virus dificiles creeme, borrarlos no es cosa de solo correr tu programa antivirus.