En el Explorador de Soluciones: ( Solution Explorer )
Add New Item: Luego
Add New Project escojes "Setup and Deployments Project"
En Templates escojes "Setup Project"
Este se agrega a tu solucion o projecto, como un projecto adicional.
luego solo es seguir las intrucciones que te pide y asignarles las propiedades que deseas, como un projecto normal.
Si agregas o modificas algo en tu projecto, solo tienes que "Build" tu Setup nuevamente y este se actualizara.