Sí, que los puedes tener . De hecho, concretamente, tengo vb6 Professional (que es con la que comencé a estudiar ) y VB.NET (ed. Academica, esta ya legal). Lo que si que me ha dado incompatibilidad es poner la VB.NET ed. Academica y VB.NET Architech
Nota : Solo tienes que tener cuidado con el Source Safe de VB6 , es la unica parte que te puede dar problemas