Claro que si, solo debes arrancar un proceso. Seria algo como :
System.Diagnostics.Process.Start ("Tuaplicacion.exe")
Tambien puedes decirle que corra en una ventana normal, maximizada, minimizada usando algo como
Dim proceso As System.Diagnostics.Process = _
new System.Diagnostics.Process()
proceso.StartInfo.FileName = "TuApp.exe"
proceso.StartInfo.WindowStyle = _
System.Diagnostics.ProcessWindowStyle.Normal
proceso.Start
Saludos