Hola
El Shadow Copy es algo que hace .NET internamente, es algo asi como que cada vez que cargas un ensamblado, este hace una copia en memoria del mismo, permitiendote sustituir el componente original aunque se esté ejecutando, ya que la aplicación estará ejecutando una copia del mismo
En fin, lo que debes hacer es sustituir el componente, copiar en la carpeta de destino sin necesidad de detener el servidor. Y en principio, al iniciar una nueva sesión, el componente que utilizará es el nuevo
Saludos