Esta es una pregunta de diseño de base de datos, más que de manejo de los datos en tu aplicativo.
Los sistemas de RH, según mi experiencia, son de lo más complejo para analizar y diseñar, toda vez que son los que dependen mayormente de las variables menos constantes de todo sistema: el factor humano.
Normalmente lo que he tenido que hacer es crear un catálogo de insidencias, que contiene las descripciones de las mismas. Esto, para definir las diferentes cosas que le pueden pasar a un empleado. Por ponerte algunos ejemplos, describiré las insidencias de vacaciones asignadas, tomadas y días que se reporta enfermo:
Insidencias
Id_Insidencia, Nombre, Cuota, Unidad, Tipo, Monto
-----------------------------------------------------------------------------
1, 'Vacaciones Asignadas', '=6 + (2*Antigüedad)', 'Dias', 'Añadir', '0'
2, 'Vacaciones Tomadas', '1', 'Dias', 'Sustraer', '0'
3, 'Dias Enfermo', '1', 'Dias', 'Sustraer', '=Salario_Diario'
4, 'Dias Comprobados', '1', 'Dias', 'Añadir', '=Saladio_Diario'
Bien, ahora necesitas una tabla que lleve las insidencias por empleado. Algo así:
EmpIns
Id_Empleado, Id_Insidencia, Cantidad, Fechas, Monto
-----------------------------------------------------------------------------
1, 1, 6, '01/01/2007', 0
1, 2, 2, '02/01/2007, 03/01/2007', 0
Obviamente tienes que definir los procesos de asignación de vacaciones, para que estos alimenten la tabla de insidencias del empleado, que sería un proceso de cálculo para la antigüedad (que definiría varias cosas, entre ellas la cantidad de vacaciones y en algunos países el cálculo de finiquitos, etc).
Quizás necesites más campos que estos, pero es una buena base para empezar.
Ahora, si quieres hacer la cosulta para saber cuantos días de vacaciones le quedan por tomar, puedes hacer algo así:
select
e.Nombre,
(IsNull(sum(i.Cantidad), 0) - IsNull(sum(j.Cantidad), 0)) Faltan
from
Empleados.e left join EmpIns i
on e.Id_Empleado = i.Id_Empleado and i.Id_Insidencia = 1
left join EmpIns j
on e.Id_Empleado = j.Id_Empleado and j.Id_Insidencia = 2
where
...
Espero que te sirva.
Saludos.