La verdad no se si existe un API que haga eso, pero es algo bastante fácil de hacer. La carpeta Favoritos no es ni más ni menos que un subdirectorio de c:\windows; en ese subdirectorio podrás encontrar una serie de ficheros con extensión .URL junto con otros subdirectorios que corresponden a las subcarpetas de la carpeta Favoritos. Por ejemplo, podrás encontrar un fichero MSN.URL con un contenido tal que así:
[InternetShortcut]
URL=http://www.microsoft.com
Como ves, se trata de un fichero con la estructura de fichero .INI, con lo cual podrías (mediante GetPrivateprofileString) leer el contenido de la cadena "URL" bajo el apartado "InternetShortcut". Y así para todos los ficheros.
